故事背景描述出生於土御門家的少年- 土御門春虎 所發生的周圍事件。 我願意成為妳的式神，一直在你身邊，永遠保護你很久以前，年幼的男孩對著女孩定下約定，在他還不知道「將來」的意義之前─ 過去大戰時期，日本帝國陸軍為將咒術運用在軍事上而重新建立陰陽寮，並派任傳說中陰陽師安倍晴明的後裔，土御門家當家的天才陰陽師土御門夜光擔任統領，成功締造日本咒術界的改革，成為現代咒術之父。 大戰末期，處於敗勢的帝國陸軍要求夜光實行大規模咒術儀式以挽回局勢，但結果儀式失敗，不只做為執行者的夜光身亡，還強烈的擾亂首都東京的靈氣，使東京百鬼夜行、妖魅縱橫。 直到了戰後了戰後陰陽寮改名陰陽廳，負責處理日本各地－主要是東京－發生的靈力災害。土御門春虎是個出生土御門家的少年，雖身為陰陽師名門後代，卻毫無陰陽師才能可言，過著一般人的生活。某年夏天，春虎遇見了他的童年玩伴，也是土御門家的下任當家的少女夏目。 過去曾允下承諾如今卻分道而行的兩人，在此刻相見之後，土御門的歷史開始轉動了，逐漸開始將他引領向了過去所見到的未來是充滿了曲折的「未來」，在黑暗中飄舞的烏鴉們，超越時空的陰與陽的幻想！
当最初看到《东京暗鸦》这个标题时，实在难以想到它竟会是一部关于阴阳师的动漫。“暗鸦”二字在绝大多数情况下都会让人联想到黑暗、压抑的场景。但《东京暗鸦》虽然背景多为黑，故事多发生于黑夜，故事本身却不容易让人感到恐惧。对日常生活的描写反倒会令人神清气爽。
这部作品有着日本非常浓厚的阴阳师色彩，故事起源于土御门夜光实行的“泰山府君祭”，剧情也紧紧围绕着这一点而展开。虽然正常情况下大家看不出其与现代社会的区别，但这其实是一个能施展阴阳术式的奇幻世界。
《东京暗鸦》在人物设定方面着实令人惊艳。因为土御门夜光曾实行“泰山府君祭”这一禁术，其在现实中必有一个转生者。而本作的女主土御门夏目，在动漫开始就被大家认为是夜光的转世之身。然而随着剧情的推进，大家才发现男主春虎才是夜光的转世，这种反转充满了惊喜。除了男女主以外，很多角色的塑造也是有血有肉。比如可爱甜美外表下有着一颗腹黑的心的大连寺铃鹿，面冷心热、善良温柔的仓桥京子，帅气洒脱、为了保护学生可以牺牲自己的老师大友阵等等，他们共同构建起了一个丰富精彩的阴阳师世界。
不过，这部动漫也存在一些瑕疵。例如剧中使用了一些3D特效来制作人造式式神，但漫无目的地使用3D技术只会产生负作用，插入与环境格格不入的3D效果也只会令观众不适。
叙事结构上，以土御门夜光转世之身为主线，环环相扣，此起彼伏。从男主春虎与北斗的邂逅、北斗的亡故，到春虎成为夏目的式神并进入阴阳塾学习，再到围绕夜光转世所引发的一系列事件，剧情十分紧凑且引人入胜。
主题表达方面，《东京暗鸦》不仅仅是一部简单的战斗动漫，还蕴含了对命运、爱情、友情等的思考。春虎为了与操纵北斗的主人相见，毅然决然地成为了夏目的式神，这份执着与深情令人动容；而他与夏目之间相互扶持、共同成长的情感也同样令人印象深刻。